No, když jsem já používal Firefox i Thunderbird na Windows XP a GNU/Linuxu zároveň, taky mi stačilo pouze nastavit adresu v souboru profiles.ini. Tento soubor jsem měl odděleně pro oba systémy, ale složka profilu byla sdílená.
Nemohu to otestovat, takže toto je pouze hypotéza, ale není problém v tom, že používáš absolutní adresy místo relativních? Mám teď na mysli proměnnou Path v souboru profiles.ini - co když prefs.js vychází z ní? Když je absolutní, ukládá všechna nastavení absolutně, ale když by byla relativní, mohou být některé adresy taktéž relativní?
Já osobně jsem vždy používal relativní adresy, takže nemám žádné zkušenosti s těmi absolutními.
Na druhou stranu, některé adresy zůstanou vždy uloženy absolutně. Momentálně si pouze vzpomínám na adresu, kam stahovat (jak pro Firefox, tak pro DownThemAll, který používám) a při přepínání mezi OS bylo potřeba ji nově nastavit. Ale jinak jsem prakticky neměl problémy; u mailů jsem používal jak POP3, tak IMAP (mám vícero mailů, jak asi každý tady) a v obou OS jsem vždy měl přístup ke všem mailům a nastavení.
(Poznámka: sám toto otestovat nemohu, protože nemám čas neustále řešit systém, takže jsem pouze na Windows a Ubuntu jsem si smazal.)