Gksudo není podle vývojářů GNOME oficiálně podporováno, sami doporučují používat jen sudo, tak asi proto
Takhle je to ale podané špatně. Používat sudo, ale na terminálové aplikace, nebo v terminálu přepnout na roota přes
sudo -i a pak teprve spouštět grafické aplikace jako gedit, nebo nautilus, pokud je třeba. Stále je tu ten potenciální problém se systémovými proměnnými, především $HOME při použití sudo, protože se sice spustí aplikace s právy roota, ale nedostane jeho prostředí.