Já bych to tak úplně nehledal v bootloaderu - těch je pár a buď ho deska/BIOS umí nebo ne. Avšak pravda je, že jednotlivé programy pro tvorbu bootflash si extrahují a po svém upravují spouštěcí parametry, tak aby platily pro usb nikoliv pro CD/DVD. A tady si myslím, že by mohl být problém ...
Takže buď zkusit jiný program, jak píše xerno, nebo laborovat s konfigurákem pro bootloader ...