Ano, ta složka docela bobtná, ale ručně rozhodně nic nemaž - ne že by to nešlo, ale musíš vědět přesně co...
Omezení max. velikost těchto logů nastavíš v souboru
/etc/systemd/journald.conf
Položku "SystemMaxUse" nastav takto:
SystemMaxUse=200M
Pak vyčisti journal takto:
sudo journalctl --vacuum-size=200M
Nakonec restartuj. Pak už nikdy nebude obsah složky větší jak 200MB