Vývojári Nitruxu sa rozhodli z nových inštalácií odstrániť PackageKit, Apt a Dpkg pre správu softvérových balíčkov, súbežne s obmedzením zápisu do priečinka root. Predísť sa tak má možným problémom pri aktualizácii systému alebo pri inštalácii balíčkov z repozitárov tretích strán. Užívatelia budú môcť inštalovať aplikácie buď vo formáte AppImage, ako Flatpak zo služby Flathub alebo prostredníctvom nástroja Distrobox.