Pokud budeš v obou případech instalovat přes Wubi tak rozdíl je v tom, že při přímé instalaci přes Wubi máš na výběr jakou distribuci Ubuntu chceš instalovat (Ubuntu, Kubuntu ... resp. Gnome, KDE ...) a Wubi si stáhne příslušné balíčky ...
Pokud budeš instalovat z CD za pomoci Wubi, můžeš nainstalovat jen verzi, kterou máš na disku (alespoň mě teda CD nabídlo pokud si dobře pamatuju jen Ubuntu) ...
edit : zpomalení jsem si nevšiml, ale logické to je ...