Bohužel, jaksi nepíšeš z kterého disku to bootuje nyní, pokud z toho na kterém je W7, tak tam už ani zavaděč Windows není, v jeho místě sídlí GRUB.
Pokud jsem správně pochopil, máš 2 fyzické disky, takže máš několik možností, disk s Windows můžeš nechat připojený.
Můžeš provést klasickou instalaci na druhý disk s tím zavaděč umístíš na současný disk (kde je Windows), tím budeš mít 12.04 a spouštění systémů tak jako teď.
Jako další možnost je obnovit zavaděč Windows a GRUB při instalaci Ubuntu umístit na stejný disk jako systém.
Tady potom máš 2 možnosti, pokud disk s Windows před instalací odpojíš, budeš si moct volit spuštění pouze přes boot nabídku BIOSu, na každém disku bude 1 systém s vlastním zavaděčem a nebudou o sobě vědět.
-nebo můžeš nechat disk s Windows zapojený a umístit GRUB na disk kam půjde Ubuntu, GRUB při instalaci detekuje přítomnost Windows a přidá si je do menu, ty potom nastavíš boot v BIOSu na disk kde je Ubuntu a budeš dostávat stejnou nabídku jako nyní, ovšem s tím rozdílem, že pokud by se disk s Ubuntu poškodil, jen v BIOSu přehodíš bootovací pořadí a bude ti normálně najíždět Windows.
Dál doporučuji udělat instalaci Ubuntu s odděleným /home. Nicméně k tomu povýšení, podívej se do seznamu zdrojů jestli tam nemáš zatržené CD jako zdroj SW, pokud ano, zruš to a zkus povýšit znova