Co se týká zvukovky, nevím. Nicméně Ubuntu používá pulseaudio, alsamixer bych asi odinstaloval na nastavoval přes pulseaudio, můžeš tam vybrat, jestli bude signál se předzesilovat a pod.
Osobně se domnívám, že takováto historická zvuková karta byla daleko překonána integrovanými kartami. Jen u některých integrovaných karet bude zvuk mírně zkreslený elektromagnetickým rušením z ostatních součástek. Já mám integrovanou zvukovou kartu a jsem s ní spokojen.
Větší vliv na kvalitu zvuku mají reproduktory a způsob jejich připojení - jestli jsou připojeny analogově, nebo digitálně. Pokud ti na 100 % ruší, tak to stáhni. Jesltiže používáš nějaký DAC - to znamená jestli chápu správně, převod do analogu, tak tímto převodem zvuk degraduješ a rozdíl mezi integrovanou a samostatnou zvukovkou je více méně irelevantní.
Nevýhodou samostatné karty je to, že má daleko vyšší spotřebu, než integrovaná a že zabírá místo, tím i zhoršuje chlazení.