V dobách, kdy jsem používal Ubuntu se mi to taky stávalo.
Jako občas mám chápat jak? Jako že dnes ten soubor není zamčený ale zítra už je?
Záleží co používáš za filesystém na flešce...
Případně v případě problémů můžeš zkusit přenastavit práva třeba i graficky...
Stiskni Alt+F2 a napiš příkaz gksudo nautilus (pozor otevře se ti správce souborů pod ROOTem a to znamená že máš právo mazat a měnit cokoliv v systému!)
Jestli je to ten stejný problém, co se děl i mě, tak ano. (A pokud si to pamatuji dobře, tak ani root se soubory nemohl nic dělat.) A abych byl přesnější, tak to občas naskočilo při připojení (mount). A po dalším připojení to občas zmizlo, občas ne.
Nikdy jsem to neřešil (měl jsem jiné, výrazně otravnější, problémy), moje řešení ale bylo celkem jednoduché: odpojit disk (umount a fyzicky vysunout z USB) a znovu zase připojit. Opakovat do té doby, než se to připojí správně. Většinou hned první re-mount fungoval. Když postup selhal, reset systému. Toto už fungovalo vždy.