Disky s AF se nedají zarovnat správně, díky vlastnostem moderních FS na nich lze vytvořit obvykle jeden souvislý nebo několik primárních oddílů, které začínají a končí správně. Jakmile se vytvoří oddíl rozšířený, celé formátovaní za ním se rozpadne.
Problém těchto disků je ovšem rychlost a spolehlivost, kdy elektronika disku hlásí velikost sektoru 512B a skutečná je 4096B, systém na disk potom zapisuje a čte jako by měl sektor 512B, jenže to není pravda, tedy elektronika disku musí provést přepočet. Data se při zápisu ukládají do vyrovnávací paměti a v momentě kdy jich je 4096B jsou teprve zapsána.
Problém jsou moderní FS, které se pokouší udržet prostor disku víceméně bez fragmentů a tak neukládají data tupě do řady za sebou, ale i na takových zastaralých FS jako je NTFS dochází po čase k obrovské fragmentaci souborů kterou prakticky nejde řešit. Při čtení i zápisu to od hlavy vyžaduje až 50x více přesunů než u disku normálního, protože jsou jednotlivé fragmenty souboru doslova rozesety po celém disku (elektronika totiž samozřejmě neumí určit co patří k sobě aby to uložila do jednoho bloku). Disk potom pří čtení nebo přepisu musí přečíst celý blok (včetně dat které systém nechce), pozměnit jen určitou část a zase to celé uložit.
Před lety se to řešilo jako parkování hlaviček (jasně, to cvakání může být otravné), jenže mám ve staré Toshibě disk co má odparkováno 4 miliony cyklů a je zcela OK, také mám jeden z prvních WD Green, který nemá AF, ale parkuje jak nemoudrý a i tak je OK. Výrobci poté přišli na to, že problém než časté parkování je právě Advanced Format (u Seagate to nazývají SmartAlign) při kterém hlava disku kmitá po plotně jako šílená.
Pokud ten disk můžeš ještě vrátit, tak ho vrať a vyber si něco bez AF, riziko selhání u disku se sektory 512/512 nebo 4096/4096 je o nějakých 70% nižší než u těchto šrotů.