No pokud to bude instalováno z balíčků, které byly vytvořeny debianizací, tak standartně jako jakýkoli jiný balíček.
Osobně velmi důrazně doporučuji každému kdo chce pracovat se zdrojáky, aby se naučil vytvářet balíčky. Protože jedině tento způsob pomůže správcům svých počítadel udržet přehled o obsahu systému a jednotlivých instalací.
No pokud jde o odinstalování softwaru kompilovaného klasicky, tedy na konci "make install" tak lze použít "make uninstall", ale pozor pouze pokud toto pravidlo je zapsáno v makefile souboru zdrojáku. A to bývá občas problém.
Právě balíčkování toto riziko vylučuje.