Obecně fglrx ovladače + compiz = blikání videa a "čekohokoliv významně využívající GK" (3Dhry, glxgears. GE apod.).
U videa se to dá vyřešit přepnutím výstupu na X11, což ale způsobí, že video táhne procesor a ne grafická karta. U ostatních "věcí" se doporučuje vypnout compiz = neblikání "čehokoliv významně využívající GK".
Možná někde na netu se najde nějaký parametr do xorgu, který toto omezuje na minimum, ale nevím o něm (neřešil jsem to). Každopádně, je to myslím verze od verze lepší - nevím jak nyní - 3 poslední verze už nepoužívám)
Např. u nvidie nebo intel grafik, tento problém není. I proto jsem minulý rok starou x1300 vyměnil za nvidi a tyhle problémy jsou fuč.