No a jak to máš nastaveno? Já sice používam vždycky jenom jeden displej (když je připojený externí, tak jenom ten, když ne, tak LCD noťase), ale měl jsem to dřív tak, jak ty chceš.
Pokud nastavuješ ty displeje v nvidia-settings, tak ti možná pomůže tohle:
Zaprvé musíš nvidia-settings spustit s potřebnými právy, tedy alt-F2 ->
gksudo nvidia-settings (případně
kdesu místo gksudo, pokud používáš Kubuntu). Na obrázku vidíš, jak by mělo to nastavení pro oba displeje přibližně vypadat (umístění displejů vůči sobě už je na tobě):

Nezapomeň u svého hlavního displeje zaškrtnout checkbox
Make this the primary display for the X screen.
Potom když stiskneš tlačítko
Apply, tak by se to mělo rovnou nastavit (nikoli uložit!), pokud jsi předtím neměl displeje nakonfigurované jako
Separate X screen (tam by to vyžadovalo restart).
Až to budeš mít nastavené, jak chceš, nezapomeň změny uložit stisknutím tlačítka
Save to X configuration file. Správný soubor by měl být vybrán, pokud není, tak by to mohl být
/etc/X11/xorg.conf.
Good luck.