Pokud NEchcete mít společné profily (tedy jiný profil ve Windows a jiný v Ubuntu), musíte mít tedy ve Vašem domovském adresáři v souboru ~/.mozilla/firefox/profiles.ini nastavenu správně cestu ke složce, kam chcete, aby se ukládal Váš "ubuntový" profil (standardně je to právě v tomto adresáři).