Tam spíš jde o to, že nautilus prostě stále překresluje svoji plochu.. Compiz sám o sobě s wallpaper pluginem dělá všechno jak má. Kdesi jsem četl návod, že se to dá upravit, ale šlo o opatchování nautilu s tím, že toto výchozí chování mělo být v gnome opraveno (tak aby se nautilus nemusel patchovat), ale už je gnome o 2 nebo 3 vydání dál, než když to mělo být opravené a stále to nefunguje korektně.
následující text není flame, chci jen říct můj postup, jak jsem se dostal k rozdílným tapetám na ploše

Já se pořád pokoušel to do gnome nějak dostat, ale nedařilo se. Takže jsem jednoduše přešel na kde4 na debianu, které v té době bylo 2x rychlejší než gnome v ubuntu a byl jsem spokojen. Nejdříve jsem nedal na compiz dopustit, ale nakonec jsem přešel na nativní kwin, který umí hodně podobných fičurek jako compiz a je vidět, že se na něm pracuje. Jednoduše pak nastavíš plochu jako samostatné aktivity a na každé ploše pak jde mít nastavené jiné widgety, jiné tapety, jinak ikonky atd atd...