Předpokládám, že máte na disku jediný oddíl s ntfs:
a) ve windows daný disk defragmentujte
b) při instalaci zvolte ruční dělení disku
c) zmenšete oddíl s windows
d) vytvořte tři oddíly - "/" pro Ubuntu (ext3, minimálně 5GB), swap (linux-swap, minimálně 256MB, optimum 2xRAM), data (fat32)