To můžu potvrdit, že ty zkompilované zdrojáky jsou otesánci, po kompilaci jádra a vytvoření balíku se to dalo smazat. Problém s Wi-fi jsem také řešil, nemohlo to najít v /lib/firmware/ potřebný driver, ten se dá buď zkopírovat z podadresářů, které přísluší distribučním jádrům nebo stačí vytvořit symbolic link. Po restartu by už to mělo jít.
Takový problém (vypínání HDD), jaký tady reportujeme, by měl být správně vyřešen již v distribučním jádru. *ubuntu je přece Linux určen pro lidi, kteří si sotva budou hned ze začátku kompilovat jádro.