Mezi KDE a Gnome je plná kompatibilita, můžete normálně používat programy určené por KDE v Gnome a naopak - jsou pouze dva menší problémy - prvním je, že KDE aplikace potřebují svoje knihovny → při instalaci jediného programu pro KDE nainstalujete větší množství knihoven (problém jen pokud máte hodně malý disk), druhý problém je, že programy pro KDE mají trochu jiný vzhled než ty pro Gnome, takže mohou v Gnome vypadat "exoticky".