prepáč, bol som dlho preč, ale teda ak správne rozumiem je to takto: si prihlásený pod svojim účtom, v ktorom sú spustené nejaké procesy a ty ich chceš spustiť ešte aj po druhýkrát ale pod rootom. a to sa mu nepáči. ak ti tak veľmi záleží na vzhľade nautilu, tak prekopíruj príslušné nastavenia témy z tvojho domovského priečinku do /root (rootov domovský priečinok). pravdepodobne to budú skryté priečinky .gnome a .gnome2, prípadne .nautilus.
edit: inak som práve zistil, že keď dám gksudo nautilus, tak má rovnakú tému ako moje prostredie, tak neviem..