Stačí následující:
Bluefish:
Úpravy -> Předvolby -> Soubory ... a zde nastavit kódování, v kterém je soubor, co otevíráte.
Poté hned otevřít ten soubor a mělo by to být o.k. Takto s tím pracuji neustále a žádný problém.
Edit:
Musíte vždy nejprve nastavit to kódování na to které je v souboru. Potvrdit výběr a soubor teprve teraz otevřít. Pak jej můžete již dále ukládat do jakéhokoli kódování.