Podle mě by mělo stačit spustit Thunderbird, nic neimportovat a nechat ho vytvořit systémové adresáře tzn. něco : /home/user/.thunderbird/wm9pxuw7.default/Mail/Local\ Folders/Inbox. Thunderbird poté zavřít a do tohoto adresáře pak nakopírovat obsah adresáře Evolution .... /home/user/.evolution/mail/config/et-expanded-mbox\:_home_user_.evoluion_mail_local#Inbox.
Po dalším startu Thunderbirdu by to mělo fungovat. Případně ještě zkopírovat obsah adresáře Outbox.