Já když dám v Geditu otevřít soubor, tak ve File Chooser Dialogu dole mám možnost Kódování znaků. Pokud vyberu Automaticky detekované, tak to sice windows-1250 netozezná, ale když to ručně vyberu, tak to funguje bez problémů.
Edit: používám GNOME, 7.10, 32bit