Kontrola HDD, lepšie povedané pripojeného filesystému sa neodporúča vykonávať. Z toho dôvodu je dobré túto operáciu vykonať z inej partície (ak je dostupná na nej iná inštalácia Linuxu) alebo z LiveCD a to nasledovným príkazom:sudo fsck -f -y -v /dev/hda1 (poprípade hda2, hdc1, atď, záleží kde je ten HDD pripojený)