Dělám to tak, že do fstab přidám záznam pro přimountování síťového disku, takže po nabootování s tím všechny aplikace pracují jako s lokálním diskem.
Příklad z mého /etc/fstab:
//dwarfik/temp /media/dwarfikTemp cifs username=uzivatel,password=heslo,uid=linuxuzivatel,gid=users,rw,users,codepage=cp1250,iocharset=utf8 0 0
//dwarfik/mp3a /media/dwarfikMP3a cifs username=uzivatel,password=heslo,users,codepage=cp1250,iocharset=utf8 0 0
To jsou dva řádky, prvním připojuje sdílenou složku i pro zápis, druhý jinou složku jen pro čtění.
Takhle nastavené to správně pracuje s českými znaky. Už to je nějaký pátek, co jsem to nastavoval, myslím že pro cifs jsem musel něco doinstalovat...