V jakem poradi se bootuje z disku

Tedy jestli se bootuje z HDA nebo z SDA.
Dale, v MBR ktereho disku je nainstalovan GRUB

Z toho co pisete se domnivam, ze GRUB je v MBR disku, na kterem je i Ubuntu (protoze po odpojeni disku s WIN muzete bootnout do Ubuntu).
Zkuste se tedy bootnout do Ubuntu (treba i kdyz opdojite SATA (SDA) disk, a zadejte:
sudo kate /etc/fstab #pouzivate-li Gnome, misto kate dejte [u]gedit[/u] a tam vsude u disku (particii) SATA disku prepiste "auto" na "noauto" - tim zrusite automaticke mountovani disku (particii) pocas zavadeni systemu - potom si je muzete pripadne mountnout rucne...pokud by to neslapalo, dejte vedet...