Asi vám nepomůžu, ale formát disku pro linux je ext3, zatím co Win. mají NTSF. Instaloval jsem ubuntu již několikrát po WIN. a nikdy jsem ale takový problém neměl. Zkuste provest format/:c nebo jak máte ten potřebný disk pojmenovaný, pak nabutovat Live CD s Ubuntu a potom instalovat spouštěčem na ploše.