On automaticky při spuštění update-grub (který asi spouští některé aktualizace) ty jádra najde a uloží.
Sice nevím, proč vám to vadí, ale vyřešit se to snad dá:
Otevřete si (samozřejmě s právy roota) menu.lst a najděte tento řádek:
# howmany=all
přepište ho na:
# howmany=1
a spusťte:
sudo update-grub
Pak by to mělo přidávat vždycky jenom jedno jádro (ale 2x - normální a recovery)...