Je to úplně jedno, na který to nainstalujete. Problémy nastat můžou a to v případě, že instalátor zapíše GRUB na druhý disk, než by měl, což se občas stává. Taky problém nastane, pokud vytáhnete disk s Windows, pokud na něm bude zavaděč. Ale všechny ty problémy se dají celkem jednoduše obejít, takže ve výsledku je úplně jedno, jak to nainstalujete.