Neviem presne, čo máte na mysli "prečistením" počítača. Ak hľadáte staré nepotrebné balíky, ktoré už nie sú viazané na žiadne závislosti, môžete ich odinštalovať cez terminál:
sudo apt-get autoremove
Bude sa to dať aj cez Synaptic, ale ja som taký pošahný, že takéto veci viem len cez terminál

A momentálne nesedím za linuxom.
Apt-get, systém balíkov ktorý obsahuje Ubuntu, nepovoľuje nainštalovanie 2 rôznych verzií jednej aplikácie. Napríklad ak máte Pidgin 2.0.1 zo starého Feistyho, Gutsy zamenil Pidgin 2.0.1 na 2.11.1. Stará verzia teda nezostala. Duplicitné aplikácie sa teda v systéme vyskytovať už nemôžu.
Ak však máte v systéme aj aplikácie, ktoré nainštaloval Feisty a v Gutsy už nie sú (aj keď má práve žiadna nenapadá

), môžete ich odinštalovať v Synapticu. V ľavom stĺpci si vyberte ponuku
Nainštalované aplikácie a prejdite ich za radom. Všetko, čo vám netreba a neviaže sa na iné súčasti systému ako napr.
ubuntu-desktop či
nautilus môžte v pohode odinštalovať. Máte tam aj ich popis.