1. proč jste přihlášen jako root a dáváte před to sudo?

To sudo právě zajišťuje, aby i normální uživatel mohl být rootem, takže buď:
# apt-get install ***
nebo
$ sudo apt-get install ***
2. Ta chyba znamená, že už někde apt běží - jestli mátze zapnutý Synaptic/Add, Remove/Aktualizace/GDebi, vypněte to a potom to zkuste znovu. Popřípadě restartujte.