Na Windows Firefox a v něm správce záložek (nevím, kde to je ve verzi e 2, používám 3 a tam je to Záložky -> Zobrazit všechny záložky).
Tam dejte záložky exportovat. Soubor, který to vytvoří si někam uložte.
V Ubuntu opět spusťte Firefox, opět správce záložek, tentokrát importovat a vyberte ten soubor.