U mňa si to neprepisovali, jediný problém bol, že neboli zdieľané záložky (keď som prvý raz spustil Fx3b4, naimportoval si záložky a všetko ostatné z profilu Fx2, ale keď som potom opäť spustil Fx2 a pridal záložku, v trojke sa nezjavia

)
Prevádzkovať spolu sa teda dajú, ale je ideálne rovno prejsť na Fx 3.
A tiež nemôžeš mať otvorené jedno okno Fx2 a druhé Fx3 súčasne

btw. používam naň qUAKR-ov zdroj, odporúčam.