Není nutné cokoli odinstalovávat.
Stačí nejdříve spustit Netbeans a potom až compiz & spol.
Takovýto přístup je ale velmi nepohodlný. Pro nápravu přitom stačí vytvořit proměnnou AWT_TOOLKIT naplněná hodnotou "MToolkit".
Tu můžete exportovat třebas z /etc/environment nebo ~/.bashrc. Takový postup ovšem u mě nefungoval

.
Já jsem si proto vytvořil jednoduchý spouštěč (viz kód) který mi spustí funkční Netbeans i se zapnutými efekty.
#!/bin/bash
export AWT_TOOLKIT="MToolkit";
/cesta/k/binarce/netbeans