Pomoc s instalací "R"

[matezz]

Bude to dlouhý dotaz ...

Instalaci pomocí Synaptiku už jakžtak ovládám, ale co dělat, když potřebuju verzi programu, která ještě v Synapticu není?
Jedná se mi o statistický program R, jehož verze 2.3.1 pro Dappera je zde: http://pangora.org/cran/bin/linux/ubuntu/dapper/
Zkoušel jsem stránku přidat do sources list, ale Synaptic mi nahlásil, že jsem sources.list zkomolil...  :cool:

Rád bych tedy nainstaloval program přímo pomocí apt-get install (?), ale problém:

*co se starými balíky nainstalovanými pomocí Synapticu? Odebrat?

*dál po pravdě nevím, který z uvedených balíčků potřebuju pro chod programu, asi všechny.. Jaký je rozdíl mezi v instalaci mezi .deb balíky a tary? Čet sem INSTALL v tom taru, ale nejsem z toho moudrej, jaksi chybí základní znalosti :-/

R je program s CLI, avšak existují pro něj GUI například v Java podobě - JGR - Java GUI for R.
No a s instalací tohoto si taky nevím úplně rady: návod ze stránky
 http://stats.math.uni-augsburg.de/JGR/down.shtml
je následující:
Linux download:
   - run-script for R 2.3.+: JGRlinux-1.4.tar.gz

Znamená to, že v konzoli se spuštěným R zadám příkaz JGRlinux-1.4.tar.gz ?

Doufám, že je to srozumitelný, dík za případnou pomoc..

[matezz]

Tak verzi R-2.3.1 jsem už nainstaloval pomocí Synapticu - přidal jsem do zdrojů
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ stable/

Pořád ale nemůžu spustit tu javovou aplikaci JGR (http://stats.math.uni-augsburg.de/JGR/down.shtml),
její README:

JGR - Java GUI for R - start script for unix systems
------------------------------------------------------

This package contains a script that starts JGR.
In contrary to previous versions, for JGR 1.4
all code is now in R packages such that only a single
shell script is needed.

 How to compile
----------------

As of JGR 1.4 everything is 'autoconf'igured.

1) Make sure you have
   - JDK 1.5 (aka J2SE 1.5) with java command
     on the PATH. Alternatively you can set
     JAVA_HOME to point to the JDK root directory.
   - R 2.3.0 patched 2006-05-08 or later
     (2.3.0 release version will NOT work!)
     also make sure that R was configured with:
     --enable-R-shlib

2) ./configure
   # this step will create the run script

3) make
   # this step will install necessay R packages
   # (if you are in the sudoers file and sudo is installed)
   # you can do this manually is necessary, install:
     - rJava 0.4-2 or later
     - JGR 1.4-0 or later
     - JavaGD 0.3-3 or later

 How to start JGR
----------------

./run

---
Last change: 2006/05/10 SU

nevím jak na kompilaci...

[matezz]

Pokouším to a mám problém při ./configure:
configure: error: jni headers not found. Please make sure you have a proper JDK installed.

Javu mám java-1.5.0-sun, ale nevím jak splnit následující podmínku:
1) Make sure you have
   - JDK 1.5 (aka J2SE 1.5) with java command
     on the PATH. Alternatively you can set
     JAVA_HOME to point to the JDK root directory...

druhou podmínkou si taky nejsem jist -
      -also make sure that R was configured with:
      --enable-R-shlib

Nevíte jak na to?

[Krtko]

1) ak mas dobre nastavene repositaries tak je tam balicek sun-java5-jdk. malo by to stacit.

2) --enable-R-shlib ked je pozadovane staci dopisat za ./configure

[matezz]

A ta java-1.5.0-sun nestačí?
Mně z toho readme připadá, že bych měl konfigurovat samotné R pomocí --enable-R-shlib před konfigurací JGR? Čili při konfiguraci JGR se bude konfigurovat i samotné R?

[Krtko]

jdk == java development kit. --enable-R-shlib - ano to by sa malo zadavat pri kompilacii R, ale zrejme tak uz bude pripraveny ten balicek; som si to zle precital. a radsej si stiahni ten balicek pre dappera; nainstalujes ho cez "sudo dpkg --install *.deb" alebo si nainstaluj cez synaptica gdebi a potom sa uz budu dat balicky instalovat kliknutim

[matezz]

Dík Krtko,
nainstaloval jsem JDK a zkusil kompilaci s tim balíčkem R co mám, verze odpovídá. Všechno proběhlo (zdálo se) dobře, ale když chci spustit run script, tak to nejde:

Kód: [Vybrat]

:~/JGR/JGRlinux$ ./run
Unable to access jarfile /usr/lib/R/library/JGR/cont/JGR.jar
:~/JGR/JGRlinux$že by chyba, že R není zkonfigurovanej? Nebo něco jinýho.

Edit:
_______________________________
Není divu, že ho nemůže "accesovat", oni tam totiž vůbec složka a soubor
usr/lib/R/library/JGR/cont/JGR.jar
nejsou

Znamenalo by to, že musím R odinstalovat a instalovat ručně s možností ./configure  --enable-R-shlib ?
Není možnost jak nakonfigurovat již instalovaný program?

Pokud budu chtít provést kompilaci JGR znovu, zbavím se již kompilovaného tím, že smažu adresář, ve kterém JGR je?

(sorry za asi hloupý otázky, jsem v tom trochu ztracenej)

[matezz]

Tak, pokud někdo budete potřebovat statistický program R s GUI, jde to!
Ale předesílám, že JGR je sice GUI, avšak ovládá se příkazy (což mě dost zklamalo). Jednosušší R commander je intuitivní a jednoduše se instaluje.

R commander: jednoduchý návod na http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/ vyžaduje akorát nainstalovaný R (ze Synapticu)

JGR: pro JGR je potřeba verzi R-2.3.1
(např. http://cran.at.r-project.org/bin/linux/ubuntu/dapper/r-base_2.3.1.orig.tar.gz)
Postupujte podle návodu INSTALL, ale při ./configure zadejte možnost

Kód: [Vybrat]

./configure --enable-R-shlibMně se napoprvé nepodařilo konfigurovat, musel jsem doinstalovat balíček xlibs-dev pomocí Synapticu, pak šlo vše ok.

Pak stáhněte http://stats.math.uni-augsburg.de/JGR/down.shtml apostupujte podle README.
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Já však jdu pracně zkompilovaný R a JGR odinstalovat, protože mi nějak koliduje s R commanderem.
(make uninstall) :/