Ahoj,
když už jsi u toho reinstaluju, rozděl si / a /home na dva různé diskové oddíly, přístě Ti odpadnout problémy se zálohováním...
Jinak záloha /home by měla stačit, ty konfiguráky taky nejsou špatnej nápad. Win disky mi přijdou zbytené, pokud víš, co děláš, zničit je nemůžeš.