Intel? Jak se to vezme. Pokud máš na mysli procesor intel, tam bych si dovolil tvrdit, že rozhodování Intel vs. AMD není o "funkčnosti" v linuxu, ale o osobních preferencích. Pokud jste myslel chipset na desce Intel, tam by se dalo říci, že Intel je jistota. Ale zase bych to neviděl nějak převratně. Na běžných chipsetech od firem AMD, Via, Intel, nVidia téměř vše chodí, problém bývá akorát s nejnovějšími vychytávkami. U desek bych dal pozor na integrovaná zařízení (hlavně pokud jde wifi). A co se týče gr. karet, asi bych do Intelu nešel - je to sice levné integrované řešení, ale závratný výkon bych od toho nečekal - sáhl bych nejspíš po nVidii, tam je podpora asi nejlepší, i když u ATI se za poslední rok významně zvětšila.
Doporučuju si najprve vybrat desku - najít si u ní dostatek informací a zjistit, zda-li s linuxem (popř. přímo s Ubuntu) má nějaký problém. Tím se určí de facto i druh procesoru (AMD/Intel).