1) Pravý klik na menu (jde to i přes Systém->Volby-> neco jako menu, nabídky, teď nejsem zrovna na Ubuntu) a dát Upravit nabídky (menu). Tam pak odzaškrntout nepotřebné aplikace, nebo naopak zaškrtnout ty, co se nezobrazují a vy je chcete.
2) Myslím, že to jde nějak i přes synaptic, ale to jsem nikdy nedělal. Zkuste třeba:
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get autoremove