No s tím tweakem, nejsem si jistý, ale určitě by šlo v /usr/bin (nebo kde to je) na ten spouštěcí soubor nastavit práva a pak by to jiný uživatel nespustil. (teoreticky, nezkoušel jsem)
A to menu...edituj to u sebe a pak to ostatním uživatelům nakopíruj...dlouho jsme gnome nepoužíval, ale tušim že menu je v adresáři /home/jmeno/gconf ..nebo /gnome ...v některém z nich, když to prošmejdíš, tak to poznáš, je tam víc souborů "backup", který se vytvářejí při každé úpravě menu.