V live cd, stačí zvolit ruční volbu. Tam si pak musíš navolit / a nastavit současný /home a budeš tam mít také možnost formátovat. U / se automaticky označí a u /home zkontrolovat, aby volba format nebyla zaškrtlá. Takto jsem na čisto instaloval 2x se zachováním původního /home a nikdy se mi data nesmazali. Může být problém, např. když instaluješ odlišnou distribuci (nebo možná právě, když zadáváš jiného uživatele -> zapíše se do home) - pak pouze musíš upravit práva (data se každopádně i tak zachovají) - vlastně zřejmě se ti něco podobného již stalo, tím, že jsi smazal svá nastavení (i ta nutná k přihlášení).