Pokud chcete, aby to šlo bez problému připojit pod Windows i Linux, dal bych tam NTFS.
Jinak když ten disk poběží o pár hodin déle, určitě mu to nic neudělá, toho bych se nebál. Jen nevím, jak mají WD vyřešené chlazení toho disku, pokud se ale nějak zvlášť nezahřívá, vůbec bych se ho nebál nechat běžet stále.