přišel jsem na toto:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=581865
ale pomohlo mi to jen v rozhodnutí přejít na emerald, ten funguje lépe, světe div se stejně má s ním Eclipse problém, ale ne už tak velký jako s gtk-window-decorator - tlačítka na liště okna totiž při přejetí myší v eclipse mírně problikávají... nechám to už být, toto mi tolik nevadí a aspoň už nevypadává celá lišta okna, stejně je to ale divné, v jiných aplikacích se to neděje...