Ve Windows se to taky ukládá do nastavení systému, ne do nastavení programu (viz Start -> Spustit -> msconfig).
I některé programy se umí přidat samy do nastavení programů spouštěných po spuštění. Skype to ale myslím neumí. Stejně je pak ale myslím problém, kde KDE, Gnome a další prostředí mají konfigurační soubory jinde, takže by to nefungovalo všem.