Mrkni se do souboru /etc/X11/xorg.conf a měla by tam být definovaná klávesnice takhle Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "cz"
EndSection
tak si jen uprav to XkbLayout na SK zřejmě.