řekl bych, že se jedná jen o balíky, které už třeba nejsou dostupné přes repozitáře, ovšem pokud jsou nainstalované, tak by měly bez problémů fungovat... doporučuji je tedy, pokud je používáte, ponechat...
jinak odstranění nedostupných balíků by měl zvládnout i správce balíků adept... já ovšem spokojeně používám aptitude, kde to funguje určitě...