Jestli se Ti opravdu jedná jen o ten repráček uvnitř PC, který pípá např. při chybě, vypínání (8.10) a tak, tak ten je závislý na modulu pcspkr. Můžeš ho zkusit dočasně vyřadit pomocí sudo rmmod pcspkr Pokud to funguje ke spokojenosti, můžeš ho vyřadit úplně pomocí přidání příkazu blacklist pcspkr do souboru /etc/modprobe.d/blacklist.
Pokud si nejsi jistý, určitě si nejdřív udělej zálohu toho souboru, buď v Nautilu (kopírovat - vložit), nebo pomocí cp /etc/modprobe.d/blacklist /etc/modprobe.d/blacklist_backup