Rozhodně používat hlavní panel dole.
Není nic jednoduššího, než přetáhnout horní panel dolů, přidat na něj applet "Seznam oken" (nebo tak nějak), případně koš a zobrazit plochu. Pak můžeš přebytečný (původní dolní) panel smáznout. AWN i Cairo-dock jsou celkem fajn, ale pořád se vyvíjí a mají některé (pro mne dost otravné) mouchy. (AWN nemá separátní taskbar, díky různým animacím, které leckdy ani nejdou vypnout, jsou oba docky otravně pomalé, ap.). U obou docků jsem taky řešil (více méně neuspokojivě) problém s překrýváním/nepřekrýváním panelu maximalizovanými okny.