Záleží na tom, o které repozitáře se konkrétně jedná. Jde-li o repozitáře třetích stran, nainstaluj si Ubuntu Tweak pro JJ. Nejpoužívanější aktuální adresáře třetích stran umí přidat včetně jejich klíčů.
Jinak přepsáním II a JJ nic neriskuješ, v nejhorším případě po updatu balíčkovací systém nenajde repozitář.