Odporúčam použiť gnome-panel applet "Škálovanie frekvencie procesora" a znížiť výkon na minimum, prípadne nastaviť "Ondemand". Počul som aj o probléme, kedy sa ventilátoru neznížia otáčky po schladení CPU späť na nižšiu teplotu.
Ešte môžem odporučiť vypnutie Compizu ako krajné riešenie.