Treba hľadať vo fóre! Je tu o tom niekolko príspevkov. Ale Ak máš Ubuntu, tak:
Systém/Predvoľby/Sedenia/Programy pri starte/
A tam si napíš príkaz aký chceš, ktorým sa spúšta ten program čo chceš spustuiť. Poprípade ho doplň o nejaké možnosti spustenia. Ale ak sa pýtaš ako ho spustiť priamo do tray, tak iba v tom prípade, ak to podporuje samotný program čo chceš spustiť.