Mám pocit, že ti všechno funguje správně - pokles FPS v utilitkách jako glxgears při zapnutém compizu je od jisté doby naprosto normální. Tyto utilitky jsou pouze informativní, dávají pouze orientační náhled - fps u nich např. záleží i na velikosti okna.
Pokles fps při zapnutých efektech je vedlejší produkt vylepšení ovladače - dřív, když se okno s glxgears chytilo myší a hýbalo se s ním, tak se hýbal rámeček, ale točící se ozubená kola zůstávala na místě. Nyní se hýbou také a dokonce se při zapnutém wobbly efektu deformují.
Pro skutečný test 3D výkonu použij nějaký pořádný benchmark - třeba Lightsmark (samostatně - návod někde na fóru či jako součást Phoronix test suite)